Deux jeunes filles déjà éprouvées par la vie ont été séparées de leurs familles respectives. Elles rencontrent une étrange vieille dame qui leur offre l'hospitalité tout en se faisant passer pour leur grand-mère auprès des autorités. La maison est vétuste mais bien entretenue et se trouve tout en haut d'un cap dans un cadre idyllique qui tranche avec la ville dévastée en bord de mer. Il se passe bientôt des événements étranges dans les environs...
Le film est très contemplatif. Si l'on exclue les scènes de désolation du début qui posent le cadre de l'histoire, la première partie pourrait passer pour un hommage à Mon Voisin Totoro, tant les scènes de découverte de la maison par les deux jeunes filles ressemblent au classique de Miyazaki. Misaki no Mayoiga partage au fond le même thème de la résilience de l'enfance face à des événements tragiques, et c'est plutôt réussi. On suit alors la vie quotidienne de cette famille recomposée hors normes.
Malheureusement, l'intrigue est poussée de manière très artificielle dans la deuxième partie du film comme si il fallait à tout prix de l'action et la fin est complètement parachutée. C'est un peu dommage... Il en reste un film sympathique, agréable visuellement mais pas inoubliable.